El 22 de junio de 2012, el presidente Fernando Lugo fue destituido, ocupando Franco la presidencia del país, cumpliendo los artículos 234° y 239° de la Constitución Nacional del Paraguay, en su calidad de vicepresidente en funciones; pero, tras un juicio calificado por sus detractores como violador del derecho al debido proceso (art 17°, derechos humanos y derecho internacional). Es de notar que antes de este hecho, Franco se había lanzado como precandidato a presidente por su partido, el PLRA, pero terminó en tercer lugar en las pre-internas presidenciales para escoger un candidato de consenso para el 2013.
